Air sadah mengandung kalsium, magnesium, dan garam mineral lainnya dalam konsentrasi tinggi yang bila dipanaskan dan diuapkan, dapat membentuk endapan kerak pada permukaan penukar panas kondensor berpendingin air. Seiring waktu, kerak ini bertindak sebagai penghalang isolasi antara air pendingin dan permukaan logam kondensor, sehingga mengganggu efisiensi pertukaran panas. Saat kerak menebal, diperlukan lebih banyak energi untuk mencapai efek pendinginan yang sama, sehingga menyebabkan berkurangnya efisiensi sistem, biaya operasional yang lebih tinggi, dan peningkatan keausan pada sistem. Penumpukan kerak juga dapat menyebabkan berkurangnya kapasitas aliran di dalam kondensor, yang mengakibatkan tekanan dan suhu lebih tinggi. Untuk mengatasi efek ini, banyak kondensor berpendingin air menggunakan pelembut air yang menghilangkan ion kalsium dan magnesium, atau menggunakan bahan kimia anti kerak untuk menghambat pembentukan kerak.

Kualitas air dengan tingkat pH ekstrim (terlalu asam atau terlalu basa) dapat menyebabkan korosi pada komponen logam di dalamnya kondensor berpendingin air . Air dengan pH rendah (asam) dapat menyebabkan oksidasi pada permukaan logam, menyebabkan karat dan melemahkan integritas struktural kondensor, sedangkan air dengan pH tinggi (basa) dapat menyebabkan korosi basa, yang merusak permukaan logam. Kehadiran klorida, yang sering ditemukan dalam air laut atau air pendingin industri, dapat mempercepat korosi lubang, yang menyebabkan kerusakan lokal. Untuk mencegah korosi, air harus diolah untuk mempertahankan kisaran pH optimal, biasanya antara 7 dan 8,5, yang ideal untuk mencegah korosi asam dan basa. Inhibitor korosi, seperti fosfat, senyawa seng, atau silikat, biasanya digunakan bersamaan dengan pengujian air rutin untuk memastikan kualitas air berada dalam batas yang dapat ditoleransi.

Sumber air yang mengandung sedimen, kotoran, atau materi partikulat lainnya dapat menyebabkan penyumbatan dan penyumbatan di dalam sistem perpipaan dan penukar panas kondensor berpendingin air. Partikel padat ini dapat menghalangi aliran air sehingga mengurangi kapasitasnya untuk membawa panas keluar dari kondensor. Berkurangnya aliran meningkatkan tekanan di dalam kondensor dan mengurangi efisiensi pendinginan secara keseluruhan. Seiring berjalannya waktu, akumulasi sedimen dapat menyebabkan keausan abrasif pada komponen internal, yang selanjutnya meningkatkan kebutuhan pemeliharaan dan potensi kegagalan. Untuk mengurangi masalah ini, sistem filtrasi atau saringan biasanya dipasang di titik masuk air untuk menangkap partikel besar sebelum memasuki kondensor. Sistem ini dirancang untuk menghilangkan pasir, lumpur, dan padatan tersuspensi lainnya yang dapat merusak komponen internal atau mengurangi kinerja.

Biofouling terjadi ketika mikroorganisme, seperti bakteri, alga, dan jamur, terakumulasi pada permukaan pertukaran panas kondensor. Jika dibiarkan, mikroorganisme ini dapat membentuk biofilm, yang bertindak sebagai lapisan isolasi yang secara signifikan mengganggu perpindahan panas. Biofilm juga menyebabkan korosi dan penyumbatan, sehingga semakin menurunkan efisiensi sistem. Biofouling lebih umum terjadi pada sistem yang menggunakan air permukaan (sungai, danau, atau air laut) yang memiliki kadar bahan organik lebih tinggi. Pertumbuhan alga sangat bermasalah karena dapat menghalangi aliran air dan menyebabkan peningkatan konsumsi daya karena sistem mengkompensasi berkurangnya efisiensi perpindahan panas. Untuk memerangi biofouling, sistem pengolahan air sering kali menggunakan biosida kimia (seperti senyawa berbasis klorin, brom, atau tembaga) yang membunuh mikroorganisme sebelum mereka dapat membentuk biofilm. Perawatan sinar ultraviolet (UV) adalah pilihan ramah lingkungan lainnya untuk mencegah pertumbuhan mikroba.